Naujas Duke-NUS medicinos mokyklos atliktas tyrimas atskleidė, kad nepaisant pastarojo meto pandemijos, Pietų ir Pietryčių Azijoje protrūkio aptikimo pastangoms vis dar trūksta išteklių, o tik maždaug pusė peržiūrėtų šalių į savo nacionalinius planus įtraukė patogenų genomo stebėjimo iniciatyvas.
Paskelbta m Gamtos mikrobiologija Šiandien tyrime taip pat nustatomi pagrindiniai prioritetai, siekiant sustiprinti regiono pasirengimą ateities pandemijomis.
Tyrimas, atliktas per 12 mėnesių nuo 2022 m. iki 2023 m., analizuoja genomo sekos nustatymo gebėjimus patogenams aptikti 13 iš 19 šalių, sudarančių Pietų ir Pietryčių Aziją.
COVID-19 pandemija pabrėžė genomo stebėjimo svarbą, kuri buvo gyvybiškai svarbi nustatant SARS-CoV-2, stebint jo variantus ir kuriant COVID-19 vakcinas. Iš pradžių šios investicijos buvo skirtos SARS-CoV-2 sekimui, o dabar naudojamos kitų ligų prioritetams, įskaitant vaistams atsparią tuberkuliozę, per maistą plintančias bakterines infekcijas, dengės karštligę, arba dabartiniam paukščių gripo A (H5N1) protrūkiui sekti.
Nors visos 13 šalių turi nacionalinius genomo sekos nustatymo pajėgumus, tik 7 iš 13 įvertintų šalių įtraukė patogenų genomo sekos nustatymą į savo nacionalinius strateginius infekcinių ligų priežiūros planus. Be to, tik šešios šalys nustatė patogenų genomikos naudojimo infekcinių ligų stebėjimui gaires.
Nacionalinių patogenų genomo stebėjimo gairių nebuvimas apsunkina įgyvendinimą ir išteklių paskirstymą. Šių spragų panaikinimas yra labai svarbus siekiant pagerinti infekcinių ligų stebėjimo ir reagavimo sistemų veiksmingumą ir tvarumą.
Duke-NUS pasirengimo protrūkiams centro direktoriaus pavaduotojas profesorius asistentas Ruklanthi de Alwis sakė: „Nors teikia vilčių matyti tam tikrus patogenų genomikos sekos nustatymo pajėgumus, įskaitant mažiau išteklių turinčias mūsų regiono šalis, vis dar yra kur stiprinti. tai.
„Labai svarbu, kad patogenų sekos nustatymas būtų naudojamas siekiant maksimaliai padidinti poveikį visuomenės sveikatai per infekcinių ligų stebėjimą, reagavimą ir kontrolę. Dabartinės būklės ir poreikių įvertinimas buvo pirmasis svarbus žingsnis.”
Straipsnyje taip pat buvo nustatyti penki specifiniai iššūkiai, su kuriais susiduria regionas, priimdamas genomikos seką infekcinių ligų stebėjimui:
- Finansavimas: šalys pranešė, kad patogenų sekai nustatyti priklauso nuo išorės finansuotojų. Iš 13 apklaustų šalių 57 % finansinių ir kitų išteklių gaunama iš išorės donorų, o toliau seka viešasis sektorius (32 %) ir akademinės institucijos (6 %).
- Apmokyta darbo jėga: ribotas apmokytų laboratorijų personalas ir personalas, apmokytas bioinformatikos srityje, skirtas genominės sekos apdorojimui ir rezultatų analizei.
- Kaina: su genomo sekos nustatymu susijusios įrangos kaina yra pernelyg didelė, o daugelis Azijos šalių, kuriose yra riboti ištekliai, praneša, kad už genomo sekos nustatymą moka didesnes kainas, palyginti su didesnes pajamas gaunančiomis šalimis.
- Tiekimo grandinė: Genominės sekos nustatymo įrangos ir reagentų tiekimo grandinė yra vangi, o nauji užsakymai laboratorijas pasiekia vidutiniškai per du mėnesius.
- Apdorojimo laikas: kelių savaičių vėlavimas nuo mėginių paėmimo iki genomo duomenų gavimo trukdo laiku panaudoti šią informaciją visuomenės sveikatos veiksmams vadovauti.
Dr. Thimothy Johnas Dizonas iš Filipinų atogrąžų medicinos tyrimų instituto sakė: „COVID-19 pandemija buvo svarbus pavojaus signalas sveikatos sistemoms visame pasaulyje, pabrėždama didžiulę genomikos vertę kovojant su patogenais ir formuojant visuomenės sveikatą. atsakymus.
„Sudėtingas genomikos pobūdis reikalauja pakeisti mūsų stebėjimo praktiką ir žymiai sustiprino Filipinų visuomenės sveikatos laboratorijų, priežiūros skyrių ir akademinių institucijų bendradarbiavimą.
„Norint maksimaliai padidinti šią pažangą, būtina stiprinti ir palaikyti investicijas, skatinant platesnį bendradarbiavimą ir partnerystę tiek regione, tiek pasauliniu mastu.
Dr. Khoo Yoong Khean, Duke-NUS pasirengimo protrūkiams centro mokslinis pareigūnas, pridūrė: „Patogenų genomika yra naujovė, turinti didelį poveikį visuomenės sveikatai, ir visam mūsų regionui būtų naudingos rekomendacijos, kaip veiksmingai planuoti ir planuoti genomikos biudžetą.
„Azija susiduria su didele infekcinių ligų protrūkių rizika dėl tokių veiksnių kaip tankios populiacijos, didelis mobilumas, prastos vandens ir sanitarijos sąlygos, dažna žmonių ir gyvūnų sąveika, klimato stresas ir greitai besikeičianti aplinka. Ankstyvo aptikimo stiprinimas per infekcines ligas priežiūra yra labai svarbi regioniniam pasirengimui protrūkiui“.
Tyrimo metodika
Šis tyrimas buvo atliktas bendradarbiaujant su partneriais iš Bangladešo, Brunėjaus Darusalamo, Kambodžos, Indonezijos, Laoso PDR, Malaizijos, Mianmaro, Nepalo, Pakistano, Filipinų, Šri Lankos, Tailando ir Vietnamo. Dalyvavimas buvo savanoriškas, o į tyrimą buvo įtraukti duomenys iš visų 13 šalių.
Kiekvienoje dalyvaujančioje šalyje buvo nustatyti pagrindiniai partneriai, kurie dalyvaus nuodugnioje apklausoje. Iš viso duomenis pateikė 42 pagrindinės vietos institucijos. Šios organizacijos yra kilusios iš įvairių sektorių, įskaitant vyriausybines įstaigas, akademines institucijas, valstybines laboratorijas ir nevyriausybines organizacijas.
Remiantis apklausos atsakymais, buvo pasirinkti ir apskaičiuoti 25 suvestiniai rodikliai, siekiant įvertinti patogeno genomo stebėjimo regioninę būklę. Šie rodikliai apima tokias sritis kaip partnerystė, finansavimas, politika ir gairės, tiekimo grandinė, laboratorijų infrastruktūra, bioinformatika, kokybės užtikrinimas ir dalijimasis duomenimis bei poveikis.
Tyrimas buvo paskelbtas pagal Azijos patogenų genomikos iniciatyvą (Asia PGI), regioninį konsorciumą, kuriam priklauso Duke-NUS ir kuris skirtas patogenų genomikos pažangai.
Konsorciumas įkūrė specializuotą mokymo akademiją Duke-NUS, leidžiančią šalims bendradarbiauti pagal pritaikytas programas, skirtas spręsti prioritetines grėsmes sveikatai Azijoje. Pagrindiniai šio darbo partneriai yra Singapūro Mokslo technologijų ir tyrimų agentūros Bioinformatikos institutas.
Bendradarbiaudama su JAV ligų kontrolės ir prevencijos centrais (JAV CDC), Asia PGI vėliau šiais metais taip pat organizuoja bendrą seminarą dėl nacionalinio planavimo ir patogenų genomikos įgyvendinimo infekcinių ligų stebėjimui.
Profesorius Linfa Wang, pasirengimo epidemijoms ir reagavimo į epidemiją tyrimų programos (PREPARE) vykdomasis direktorius, pridūrė: „Nors genomika yra būtina priežiūrai, šalims taip pat reikia naujų priemonių savo reagavimo į protrūkį priemonių rinkinyje.
„PREPARE ir Asia SGN ir toliau bendradarbiaus su regioniniais partneriais, kad padidintų atsparumą būsimoms epidemijoms ir pandemijoms, o ilgesniu laikotarpiu genomikos pajėgumų panaudojimas, siekiant greitai sukurti naują diagnostiką ir vakcinas, bus esminė mūsų pastangų paramos sritis.