Tyrėjai iš Filadelfijos vaikų ligoninės (CHOP), Pensilvanijos universiteto Perelmano medicinos mokyklos ir Nacionalinio sveikatos instituto Nacionalinio vėžio instituto (NCI) sukūrė naują įrankį, leidžiantį mokslininkams komentuoti variantų duomenis iš didelių masto tyrimai su kliniškai orientuota vaikų vėžio ir kitų ligų rizikos klasifikacija. Šis naujas įrankis senesnes programas suderina su dabartinėmis gairėmis ir yra prieinamas mokslinių tyrimų bendruomenei naudoti nemokamai. Šis įrankis buvo aprašytas neseniai žurnale paskelbtame dokumente Bioinformatika.
Viso genomo ir egzomų sekos nustatymas tapo plačiau prieinamomis klinikinių tyrimų priemonėmis, nustatančiomis paveldėtus (gemalo linijos) genetinius variantus, galinčius sukelti įvairias ligas. Nors Amerikos medicinos genetikos koledžo molekulinės patologijos asociacijos (ACMG-AMP) gairės dažnai atnaujinamos, kad gydytojai galėtų nustatyti, ar gemalo linijos variantai gali būti atsakingi už paciento ligą, automatiniai įrankiai ne visada gali neatsilikti nuo tokių atnaujinimų.
„Mūsų tikslas buvo sukurti viešai prieinamą įrankį, kuris galėtų tobulėti laikantis šių gairių ir vis dar naudojant daug svarbių duomenų bazių ir metodų, kuriuos mokslininkų bendruomenė sužinojo“, – sakė vyresnioji tyrimo autorė Sharon J. Diskin, Ph.D. CHOP Biomedicinos ir sveikatos informatikos katedros narys ir Penn Medicine pediatrijos docentas.
Naujasis įrankis, Automated Germline Variant Pathogenicity (AutoGVP), integruoja gemalo linijos varianto patogeniškumo anotacijas – informaciją apie tai, ar nustatyti variantai sukelia ligą – iš ClinVar duomenų bazės ir sekos variantų klasifikacijas iš modifikuotos įrankio InterVar versijos. AutoGVP pateikia patogeniškumo klasifikacijas, pagrįstas besikeičiančiomis ACMG-AMP gairėmis integruojant ClinVar ir InterVar. Jis skirtas InterVar įrankio potencialui per daug interpretuoti patogeniškumą dėl funkcijų praradimo variantų, kurie sumažina konkretaus geno aktyvumą.
AutoGVP poreikis tapo aiškus po Diskin ir kolegų praėjusiais metais paskelbto tyrimo Nacionalinio vėžio instituto žurnalas kuris išanalizavo 786 pacientų, sergančių neuroblastoma, gemalo linijos DNR seką ir nustatė 116 patogeninių arba galimų patogeninių variantų. Autoriai taip pat pranešė, kad pacientai, turintys šiuos gemalo linijos variantus, turėjo prastesnę išgyvenimo tikimybę ir nustatė, kad BARD1 yra svarbus neuroblastomos polinkio genas, turintis tiek įprastų, tiek retų gemalo linijų patogeninių ar galimų patogeninių variacijų.
Komanda, kurią sudaro autoriai iš JNCI popierius bendradarbiavo kuriant AutoGVP, kad palengvintų didelio masto germinalinių linijų variantų anotavimą ir automatiškai priskirtų patogeniškumą. Jie taiko AutoGVP vaikų smegenų augliu sergančių pacientų ir didesnių neuroblastomų grupių genetiniams duomenims.
„Daugelis mėginių, kuriuos naudojame vaikų smegenų auglių patogeniniams variantams nustatyti, gaunami iš centralizuoto Vaikų smegenų auglių tinklo (CBTN) šaltinio, todėl norėtume, kad galėtume supaprastinti naujas išvadas su CBTN vietomis“, – sakė jis. sakė Jo Lynne Rokita, Ph.D., CHOP duomenimis pagrįsto atradimo centro (D3B) bioinformatikos prižiūrėtojas ir vienas iš vyresniųjų tyrimo autorių.
„Naudodami AutoGVP galime supaprastinti variantų klasifikavimą ir greitai įtraukti naują informaciją, nes vis daugiau biobankų išleidžia didelius sekos duomenis“, – sakė pirmasis autorius Jung Kimas, mokslų daktaras, NCI Vėžio epidemiologijos ir genetikos skyriaus darbuotojas. „Be to, AutoGVP sumažina praktinį variantų kuravimą ir leidžia atkurti variantų kuravimą.”