Kiaušidžių kraujagyslėse vystosi sklerozė. Kiaušintakiai klimakteriniu periodu sutrumpėja iki 15 mm, o jų spindis susiaurėja iki 5 mm. Atrofiniai pokyčiai vystosi ir gimdoje. Iš pradžių ji trumpam padidėja, o vėliau ima mažėti ir keisti savo formą. Dauguma jos raumeninio audinio ląstelių atrofuojasi, jas pakeičia fibrozinis audinys. Gimdos sienelės suplonėja ir sustandėja. Pamažu išnyksta riba tarp pačios gimdos ir jos kaklelio – savo forma ir dydžiu jie tarsi susivienodina. Per klimaksą gimdos masė sumažėja dvigubai ir senatvėje sveria ne daugiau kaip 20-30 g. Atrofuojasi gimdos gleivinė. Dėl kiaušidžių atrofijos jos liaukose nebevyksta cikliniai pokyčiai. Ilgainiui gleivinė suplonėja, o jos liaukos pakeičia formas ir sustandėja. Gimdos kraujagyslėse vyksta skleroziniai procesai, siaurėja jų spindis, o dalis kapiliarų sunyksta. Nepaisant to, gimdos gleivinė dar ilgai nepraranda savo sekrecinės funkcijos. Makštis dėl atrofijos minkštėja, siaurėja (ypač viršutinis jos trečdalis, esantis arčiau gimdos), jos gleivinė išsilygina, išsausėja, o jos terpė iš rūgščios pamažu darosi neutrali arba šarminė. Kinta išoriniai lytiniai organai: didžiosios lytinės lūpos praranda dalį riebalinio audinio, todėl suplonėja, suglemba, mažosios – atrofuojasi, klitoris pašviesėja. Gakta dėl riebalinio audinio nykimo praranda buvusį iškilumą, jos plaukai retėja ir žyla. Krūtyse pamažu nykstantį liaukinį audinį pakeičia riebalinis, todėl jos gali padidėti. Speneliai sumažėja ir pašviesėja.
Visi minėti pokyčiai, vykstantys moters lytinėje sferoje, yra susiję su hormonų persitvarkymu, prasidėjusiu dar priešklimakterinėje fazėje. Visą reprodukcinį periodą hormonų (moteriškųjų – estrogeno bei progesterono ir vyriškųjų – androgenų) kiekis nuolat kinta, reguliuodamas mestruacijų ciklą. Endokrininės liaukos darniai funkcionuoja, „vadovaujamos” hipofizės ir hipotalamo. Atėjus vadinamajam priešmenopauzės periodui (2-3 metai iki menstruacijų išnykimo), prasideda ir hormoniniai pokyčiai. Visą klimakterinį periodą galima suskirstyti į tris fazes: hiperhormoninę (hiperestrogeninę), hipohormoninę (hipoestrogeninę) ir hipergonadotropinę.
Pirmojoje fazėje dėl amenorėjos (menstruacijų išnykimo) estrogenų kiekis gerokai padidėja. Šlapime šio hormono gali būti net 10-20 kartų daugiau nei įprastai.
Antrojoje fazėje estrogenų kiekis kraujyje ir šlapime sumažėja. Bet estrogenų ir progesterono gamyba lėtėja labai pamažu, todėl klimakso simptomai moters labai nevargina. Tik anksti prasidėjus menopauzei šis procesas pagreitėja, todėl galimos rimtesnės sveikatos problemos. Nebesigaminant folikulams sumažėja estradadiolio (kiaušidžių estrogeno) ir kitų hormonų gamyba, todėl, kaip minėta, ima keistis gimda, pieno liaukos, šlapimo pūslė. Hormonų kiekio sumažėjimas atsiliepia ir galvos smegenims, širdžiai, kraujagyslėms. Pastaruoju metu moksliškai įrodyta, kad jis turi įtakos visiems moters organizmo audiniams ir organams.
Trečiojoje fazėje pasireiškia grįžtamasis ryšys. Trūkstant estrogenų, pradeda gamintis daugiau hipofizio stimuliuojamųjų gonadotropinių hormonų. Jų veikiamos kiaušidės pagamina šiek tiek androgenų, kurie transformuojasi į vieną iš estrogenų – estroną. Estradiolio gamyba kiaušidėse pamažu nutrūksta, todėl estronas tampa svarbiausiu estrogenų atstovu moters organizme. Šį hormoną po truputį gamina ir kai kurie kiti organai bei audiniai, o ypač riebalinis, todėl apkūnios moterys paprastai jo turi daugiau. Estrono aktyvumas maždaug 12 kartų silpnesnis už estradiolio. Per menopauzę jo gamyba sumažėjusi maždaug trečdaliu, lyginant su vaisinguoju amžiaus periodu.
Dėl hormoninių pokyčių gali sutrikti menstruacijų ciklas, o menstruaciniai kraujavimai gali sutrumpėti, pagausėti arba susilpnėti. Gali pakisti menstruacijų simptomai, prieš joms prasidedant skaudėti krūtis, mausti pilvą. Ilgainiui menstruacijos retėja, kol galiausiai išnyksta. Bet gali išnykti ir staiga, nepasireiškus jokiems pokyčiams. Jų išnykimas rodo, kad prasidėjo menopauzė.
Jeigu moters organizmas nesunkiai prisitaiko prie visų minėtų pokyčių, jos savijauta beveik nepablogėja ir jokio gydymo nereikia. Tokia būsena vadinama fiziologiniu klimaksu. Bet jeigu organizmas nesugeba greitai prisitaikyti, tai moteris gali jaustis labai blogai. Tai vadinama patologiniu klimaksu arba klimakteriniu sindromu. Tokiu atveju būtinas gydymas.