Tyrimai biomedicinos laboratorijose pastaraisiais metais labai keitėsi, todėl mėgintuvėliai daugeliu atvejų užleido vietą kompiuteriams. Šiame kontekste daugelis atradimų dabar prasideda nuo išsamių molekulinių ir ląstelių duomenų bazių tyrimų, po kurių seka šių išvadų patvirtinimas ir išplėtimas atliekant eksperimentus su klasikiniu baltu laboratoriniu chalatu ir galiausiai šių žinių pavertimas klinikinėmis aplinkybėmis. baltai apsirengę profesionalai ligoninėse.
Vadinamoji „duomenų bazės inžinerija“ atvėrė duris biomedicininiams tyrimams daugeliui kompiuterių mokslininkų ir matematikų, kurie dažnai atlieka esminius vaidmenis šioje šachmatų lentoje.
Straipsnis publikuotas žurnale Leukemija Manel Esteller, Josep Carreras Leukemijos tyrimų instituto (IJC) ICREA tyrimų profesorius ir Barselonos universiteto Medicinos mokyklos genetikos pirmininkas, pristato naują bioinformatikos galios pavyzdį, suteikiantį galimybę naudotis moksline veikla. daugiau nei 200 ląstelių linijų, gautų iš įvairių piktybinių kraujo ligų ir su jomis susijusių organų, tokių kaip leukemija ir limfoma, epigenetinius žemėlapius.
Dr. Esteller paaiškina, kad komanda gavo „didžiausios kolekcijos kultivuotų ląstelių, gautų iš transformuotų ląstelių kraujotakoje, kaulų čiulpuose ir limfmazgiuose, epigenetinius profilius, ištyrusi juose daugiau nei 800 000 genomo modifikacijų vietų dėl DNR metilinimas“.
Tai apima ir žmogaus, ir pelių piktybinius mėginius, todėl gauti modeliai gali būti naudingi pagrindiniams, taikomiesiems ir klinikiniams tyrėjams.
Esteleris taip pat pabrėžia, kad „ypač svarbus dalykas yra tai, kad mūsų gauti epigenomai yra labai panašūs į pacientų pirminių navikų epigenomas“, tai reiškia, kad naudojant skaičiavimo algoritmus ši duomenų bazė gali būti nuoroda diagnozuojant kraujo vėžį, kai kyla abejonių dėl jo tapatybę ir klasifikaciją.
„Anksčiau įrodėme šio metodo sėkmę sergant smegenų augliais ir sarkomomis“, – sako daktaras Esteller.
Be gryno piktybinių ląstelių epigenomo apibūdinimo, tyrime taip pat buvo kryžminė nuoroda į epigenetinius duomenis su informacija apie daugiau nei 300 vaistų jautrumą, todėl „dabar atskiras algoritmas gali numatyti, kuris epigenetinis pažeidimas yra susijęs su jautrumu ar atsparumu Estelerio teigimu, svarbus klinikinių tyrimų etapas.
Kartu su plačiu duomenų, įkeltų į internetines viešąsias saugyklas, prieinamumu, tyrėjų komanda yra įsitikinusi, kad aprašytas apibūdinimas, susijęs su jautrumu vaistams, bus vertingas turtas, padedantis tinkamai nustatyti nežinomos kilmės navikus ir padėti pasirinkti geriausią gydymo būdą.
Dr. Aleix Noguera-Castells yra pirmasis darbo autorius ir bendradarbiavo su Dr. Josep Maria Ribera laboratorija, taip pat iš Josep Carreras instituto.