Singapūro bendrosios ligoninės (SGH), Singapūro A*STAR genomo instituto (GIS) ir Singapūro nacionalinio universiteto Yong Loo Lin medicinos mokyklos (NUS Medicine) mokslininkai atrado naują Candida auris kladą (arba tipą), atnešdami visame pasaulyje žinomų kladų skaičius yra šeši.
Candida auris arba C. auris yra labai užkrečiamas ir sunkiai išnaikinamas grybelis. Dažniausiai tai paveikia pacientus, sergančius sunkiomis pagrindinėmis sveikatos ligomis. Tie, kurie turi invazinius medicinos prietaisus, tokius kaip kvėpavimo ar maitinimo vamzdeliai ir kateteriai, paprastai turi didesnę riziką užsikrėsti C. auris ir susirgti įvairiomis infekcijomis – nuo paviršinių iki sunkesnių, gyvybei pavojingų.
Pasaulio sveikatos organizacija C. auris įtraukė į svarbiausią mokslinių tyrimų ir visuomenės sveikatos veiksmų prioritetą 2022 m. JAV Ligų kontrolės ir prevencijos centrai taip pat paskelbė, kad grybelis yra „skubi antimikrobinio atsparumo grėsmė“, nes jį gydyti darosi vis sunkiau. , dar labiau pabrėžiant būtinybę suprasti ir sumažinti šią grėsmę visuomenės sveikatai.
„Šio atradimo reikšmė neapsiriboja laboratorija. Dabar, kai atradome šeštąjį Candida auris kladą, skubiai reikia tobulinti stebėjimo pajėgumus arba sukurti naujus metodus, papildančius dabartines stebėjimo strategijas, kad sveikatos priežiūros įstaigos galėtų išlaikyti Stebėti jo atsiradimą ir sulaikyti plitimą, kai tik jis buvo aptiktas“, – sakė daktarė Karrie Ko, viena iš pirmųjų tyrimo autorių. Ji taip pat yra SGH Mikrobiologijos departamento konsultantė ir SingHealth ir Duke-NUS medicinos mokyklos patologijos akademinės klinikinės programos genomikos direktorė.
Naujasis kladas buvo aptiktas 2023 m., kai SGH pacientui buvo nustatytas teigiamas C. auris, kuris dažniausiai siejamas su kelionėmis į užsienį. Tačiau pacientas Singapūre išbuvo dvejus metus, todėl buvo pradėti tolesni tyrimai.
Mokslininkai iš A*STAR GIS sukūrė mašininio mokymosi techniką, kad galėtų sekti galimą naują C. auris kladą. Tada jie atkūrė C. auris genomus ir atliko nuodugnų genomų apibūdinimą, kad patvirtintų naujo klado atsiradimą.
Sužinojusi, kad pacientas turi C. auris, priklausantį kladei, kuri genetiškai skiriasi nuo kitų penkių, komanda peržiūrėjo ligoninės archyvą ir rado dar du pacientų atvejus. Jų atradimas buvo užfiksuotas žurnale „Šeštojo Candida auris klado aptikimas ir apibūdinimas Singapūre: genomo ir fenotipinis tyrimas“, Lancetų mikrobas2024 m. liepos mėn.
SGH turi aktyvią stebėjimo programą, pagal kurią didelės rizikos pacientus tikrina dėl C. auris, atliekant įprastinį tepinėlį. Pacientai, kurių testas yra teigiamas, yra nedelsiant izoliuojami, o visi stacionare esantys pacientai, kurie naudojasi toje pačioje palatoje ar patalpoje, bus tikrinami kaip ligoninės strategijos dalis siekiant sustabdyti ligos plitimą.
Dabar komanda dirba su koncepcijos įrodymo mašininio mokymosi metodu, kuris gali automatiškai anksti aptikti naujus blokus. Tai ypač svarbu regioniniams centrams, tokiems kaip Singapūras, į kurį atvyksta daug tarptautinių lankytojų, kad būtų galima anksti stebėti ir nustatyti kylančias grėsmes visuomenės sveikatai.
„Šis tyrimas parodė, kad mašininio mokymosi metodas gali pagerinti stebėjimo galimybes automatiškai aptikdamas neįprastus genomus. Mūsų mašininio mokymosi žmogaus cikle darbo eiga palengvina nuolatinį mokymąsi iš naujų duomenų, kad galėtume aptikti ir ištirti galimus naujus genomus kuo anksčiau. Tai gali sustiprinti naujų grėsmių visuomenės sveikatai priežiūrą“, – sakė vienas iš tyrimo autorių, A*STAR GIS vyresnysis mokslininkas dr. Chayaporn Suphavilai.
„Genominė priežiūra yra būtina norint suprasti atsirandančius patogenus. Integruodami genomiką, metagenomiką ir bendradarbiaujant mokslininkams bei gydytojams, galime nuolat gerinti savo pasirengimą pandemijai ir reaguoti į grėsmes visuomenės sveikatai”, – sakė vyresnysis tyrimo autorius, docentas Niranjanas Nagarajanas. , iš NUS Medicine Infekcinių ligų transliacinių tyrimų programos ir A*STAR GIS Metagenominių technologijų ir mikrobų sistemų laboratorijos genomo architektūros skyriaus asocijuotasis direktorius ir vyresnysis grupės vadovas.