Besivystančio SARS-CoV-2 viruso genominė priežiūra buvo būtina siekiant valdyti COVID-19 pandemiją, padedant tyrėjams nustatyti naujus variantus, sekti jų cirkuliaciją ir sukurti naujas vakcinas, skirtas labiausiai paplitusiems virusams. Tas pats metodas taikomas kuriant metinius skiepus nuo gripo.
Tačiau šiam darbui reikalinga struktūrizuota naujų variantų pavadinimų sistema, kad visi, tiriantys ir sekantys virusus, galėtų būti tame pačiame puslapyje ir kalbėti ta pačia kalba. Iki šiol dengės karštligės virusui – labiausiai paplitusiai uodų platinamai ligai visame pasaulyje, jau šiais metais užregistruota daugiau nei 12 mln. atvejų – trūko veiksmingos pavadinimų sistemos.
Tačiau Jeilio tyrėjai ir mokslininkai 14 kitų šalių sukūrė naują dengės karštligės kilmės sistemą, kuri, jų teigimu, leis geriau sekti ir pagerinti vakcinų kūrimą. Jie neseniai aprašė naują sistemą žurnale paskelbtame tyrime PLOS biologija.
Dengės karštligės virusą platina uodai ir užsikrėtusiems asmenims gali sukelti aukštą karščiavimą, galvos ir kūno skausmus, pykinimą ir bėrimą. Tai taip pat gali būti mirtina sunkiais atvejais.
Nors dengės karštligė labiausiai paplitusi atogrąžų ir subtropikų klimato sąlygomis, pastaraisiais metais tuose regionuose padaugėjo protrūkių ir dabar dengė išplito už tų regionų ribų. 2023 m. Pasaulio sveikatos organizacija (PSO) užfiksavo beveik 4,6 milijono dengės karštligės infekcijos atvejų Amerikoje – labiausiai viruso paveiktame regione.
Iki šiol šiais metais PSO dokumentais užfiksavo daugiau nei 11,7 mln. Šalys, kuriose paprastai nebuvo dengės karštligės atvejų, pavyzdžiui, JAV ir Italija, dabar yra.
„Žvelgiant iš visuomenės sveikatos ir vakcinų kūrimo perspektyvos, dengės karštligės viruso genomo stebėjimo duomenys yra labai reikalingi“, – sakė Nathanas Grubaughas, Jeilio visuomenės sveikatos mokyklos (YSPH) epidemiologijos (mikrobinių ligų) docentas ir vyresnysis tyrimo autorius. . „Tačiau iki šiol tai, kaip tvarkėme dengės karštligės viruso genominius duomenis, buvo per platus, kad galėtume pasiūlyti naudingos informacijos.
Kad turimi duomenys būtų naudingesni, mokslininkai juos paprastai skirsto į mažesnes kategorijas. Tačiau skirtingos šalys ir tyrimų grupės sukūrė atskiras sistemas, o tai reiškia, kad tyrėjai tam pačiam variantui gali naudoti skirtingus pavadinimus, o tai apsunkina stebėjimo pastangas.
Patekti į tą patį puslapį buvo svarbu, sako Grubaugh, ypač didėjant dengės karštligės infekcijų skaičiui visame pasaulyje ir atsirandant naujoms vakcinoms.
Grubaugh ir Verity Hill, YSPH Epidemiologijos katedros asocijuotasis mokslininkas ir pagrindinis tyrimo autorius, susisiekė su kolegomis visame pasaulyje, kad sukurtų darbo grupę, kuri sukurtų naują pavadinimų sistemą. Tada jie pasiūlė dizainą keliose tarptautinėse konferencijose ir sulaukė visuotinės paramos.
Iš esmės Hill paėmė visus pasaulio dengės karštligės viruso genominės sekos duomenis, atnaujino standartinius atskiro genotipo apibrėžimus, tada pridėjo dvi naujas subgenotipo kategorijas – pagrindines ir mažesnes linijas. Perėjimas nuo plačių kategorijų prie siauresnių reiškia, kad naujus potencialiai žalingus variantus bus lengviau ištirti.
„Turint plačias kategorijas, gali atrodyti, kad regionus paveikė tik viena ar dvi viruso versijos“, – sakė Hill. „Tačiau dėl šios padidintos skiriamosios gebos pradedame matyti daugybę linijų, kurios cirkuliuoja aplink regionus.
Tarptautiniai kolegos sutinka, kad ši nauja sistema bus būtina norint veiksmingai sekti šią augančią virusinę grėsmę.
„Mūsų sukurta nauja giminės sistema yra labai svarbus įrankis suprasti dengės karštligės viruso genetinę įvairovę ir sustiprina mūsų gebėjimą sekti viruso plitimą ir evoliuciją“, – sakė San Paulo All for Health instituto virusologas Andersonas F. Brito. Brazilija, tyrimo bendraautorė ir buvęs YSPH mokslo darbuotojas.
„Tokiose šalyse kaip Brazilija, kur dengės karštligė yra rimtas visuomenės sveikatos iššūkis, ši sistema padeda nustatyti naujas gimines ir geriau numatyti protrūkio poveikį. Be to, ji leidžia stebėti, kaip virusų kilmė gali turėti įtakos naujos dengės karštligės vakcinos veiksmingumui pirmaisiais mėnesiais. prieš tai Brazilijoje“.
Tyrėjai taip pat atidarė svetainę, kurioje kiti gali rasti informacijos apie naują pavadinimų sistemą, pasiekti mokslinių tyrimų išteklius ir pasiūlyti naujas linijas, pagrįstas savo genomo darbu.
„Turėsime komitetą, kuris susirenka kasmet, kad pagal pateiktus duomenis paskirtų naujas linijas“, – sakė Hill.