Egzomo sekos nustatymas (ES) dažniausiai naudojamas diagnozuojant Mendelio sutrikimus, atsirandančius, kai patogeninis (-ų) geno variantas (-ai) yra paveldimi iš vieno ar abiejų tėvų, arba yra de novo. Tokių sutrikimų pavyzdžiai yra cistinė fibrozė ir pjautuvinių ląstelių anemija.
Tačiau ES nėra pirmas pasirinkimas nustatant kopijų numerio variantus (CNV), kurie paprastai yra DNR segmentų delecijos ar dubliavimai. CNV sukelia didelę dalį genetinių sutrikimų.
Chromosomų mikrotraumas (CMA) tradiciškai naudojamas CNV aptikti, tačiau jis ne visada gali būti kliniškai užsakomas. Be to, jis apsiriboja didesnių CNV (paprastai didesnių nei 50 kb) aptikimu, o tai gali sukelti klaidingus negatyvus, jei CNV yra mažesnio dydžio.
Jianling Jenny Ji, MD, MS, FACMG ir kolegos atliko tyrimą, neseniai paskelbtą IN NPJ genominė medicinasiekiant įvertinti papildomą CNV analizės diagnostinę vertę naudojant ES duomenis, ypač įvairiose vaikų grupėje, turinčioje skirtingą klinikinį pagrindą.
Šiame tyrime CNV analizė buvo atlikta pagal 1 538 vaikų egzomo duomenis, kurių dauguma buvo suvaržyti amerikiečiams. Dr Ji ir komanda nustatė diagnostinius CNV 4,6% pacientų, pradedant nuo mažų delecijų iki didelių chromosomų pertvarkymų.
Tyrimo metu nustatyta, kad CNV analizė naudojant ES gali padidinti diagnostinį derlių, ypač tais atvejais, kai buvo nurodyti hematologija ir neonatologija. Svarbu tai, kad skirtingų protėvių diagnostinio derliaus skirtumų nebuvo, pabrėžiant metodo pritaikomumą įvairioms populiacijoms.
Rezultatai rodo, kad CNV analizės įtraukimas į egzomo sekos eigą suteikia reikšmingą diagnostinę naudą.
„Mūsų tyrimas rodo, kad kopijų skaičiaus varianto analizės įtraukimas į egzomo sekos eigą padidina diagnostinį derlių įvairiose vaikų grupėse“, – aiškina dr. Ji. Šis požiūris padidina CNV, praleistų tradiciniais metodais, tikimybę nustatyti CNV ir gali padėti diagnozuoti ligas pacientams, kuriuose CNV analizė nebuvo kliniškai užsakoma, tačiau yra egzome duomenų.
Be to, ši strategija gali sukelti išsamesnę genetinę konsultaciją ir geresnį paveiktų asmenų šeimos planavimą. Pagerinus bendrą diagnostinį derlių, šis metodas galėtų sumažinti neišspręstų atvejų skaičių ir pasiūlyti ilgalaikę naudą klinikinėje aplinkoje, ypač atliekant vaikų genetinius tyrimus.