Kinijos tyrimas, apimantis 42 703 šeimas, paveiktas retų ligų 32 Kinijos provincijos regionuose, sukūrė naują retų ligų diagnozės sistemą. Tai suteikia naujos vilties milijonams pacientų, kovojančių su atidėtomis ar neteisingomis diagnozėmis.
Tyrimas, vadovaujamas Pekino Sąjungos medicinos koledžo ligoninės, buvo paskelbtas IN Mokslo biuletenisrugpjūčio 25 d. Išvados pateikiamos iš projekto „Upwards“ – visos šalies visuomenės gerovės iniciatyvos, kuriai nuo 2022 m. Rugpjūčio mėn. Iki 2024 m. Liepos mėn. Vadovauja Pekino Sąjungos medicinos koledžo ligoninė (PUMCH).
Projektas patikrino ir išanalizavo 94 749 asmenų genetinius duomenis, todėl buvo patvirtintos 12 633 diagnozės. Bendras 29,58%diagnostikos procentas, aukščiau yra pirmoji Kinijos genomo pagrindu sukurta retųjų ligų programa.
Retų ligų našta Kinijoje
Remiantis įvertinimais, pagrįstais „Orphanet“ duomenų baze ir 2017 m. Kinijos gyventojų ataskaita, 48–82 milijonai Kinijos piliečių gali gyventi su reta būkle.
Vis dėlto diagnozė išlieka pagrindinė kliūtis. 2018 m. Nacionalinė apklausa atskleidė, kad beveik 73% pacientų buvo neteisingai diagnozuoti. Vidutinis laikas gauti teisingą diagnozę buvo 4,3 metų. Kai kurie pacientai aplankė iki 10 ligoninių, prieš gaudami tikslų rezultatą.
„Diagnozė yra pirmasis žingsnis link gydymo“, – aiškino Pumcho retų ligų centro ekspertas. „Tačiau dėl simptomų ir genetinių veiksnių sudėtingumo šias ligas ypač sunku nustatyti.”
Nacionalinio diagnostikos tinklo kūrimas
Projekto „Upwards“ siekiama sukurti standartizuotą retų ligos genomo tyrimų ir klinikinių paslaugų sistemą visoje šalyje.
Įsikūrusioje sistemoje yra „3-in-1“ modelis, apimantis genetinius tyrimus kaip atskaitos tašką, po to, kai buvo konsultacijos su daugiadalykėmis konsultacijomis, suartinant įvairių medicinos sričių ekspertus ir galiausiai klinikinį išsilavinimą, mokant gydytojus atpažinti retų ligų modelius.
Siekdamos užtikrinti nuoseklumą, 444 ligoninės pateikė paciento duomenis per centralizuotą aukštyn sistemą, o visus bandymus atliko akredituotos laboratorijos.
Išplėstinis sekos nustatymas ir klasifikavimas
Projekte buvo naudojamos dvi pagrindinės technologijos-viso egzomo sekos nustatymas (WES) 77% pacientų ir viso genomo sekos nustatymas (WGS) 23% pacientų. Visi genetiniai variantai buvo aiškinami naudojant tarptautines Amerikos medicinos genetikos ir genomikos koledžo (ACMG) gaires.
Siekdami geriau organizuoti atvejus, tyrėjai sukūrė penkių lygių klasifikavimo sistemą (A-E), pagrįstą sudėtingumu. A kategorijos atvejai, turintys aiškesnių simptomų ir mažiau įmanomų genų, pasiekė didžiausią diagnozės laipsnį (52%). E kategorijos atvejai, turintys daugybę nepaaiškinamų sąlygų, vis dar pasiekė pastebimą 26% diagnozės laipsnį, parodantį genomo tyrimų galią net ir sunkiausiais atvejais.
Pagrindinės išvados
Šeimos testavimas padeda pagerinti diagnozės nustatymą. Kai buvo įtraukti keturių ar daugiau šeimos narių genetiniai duomenys, diagnozės nustatymo procentas padidėjo iki 39%, palyginti su 23% pavienių pacientų.
Daugialypės sistemos sąlygos yra labiau aptinkamos. Pacientams, sergantiems sutrikimais, turinčiais įtakos keliems organams, buvo diagnozuojami dažniau (34%) nei pacientams, kurių būklė yra vienkartinė (28%).
Atsirado regioninių skirtumų. Dauguma pacientų atvyko iš rytų ir centrinių provincijų, tačiau dalyvavimas iš Vakarų ir šiaurės rytų regionų stabiliai didėja.
Genetinės interneto taškai buvo nustatyti skirtingose provincijose. Tam tikros sąlygos parodė vietinę koncentraciją, tokią kaip F8 genas (hemofilija A) Guangxi ir DMD genas (Duchenne raumenų distrofija) Qinghai.
„Šis pasiekimas ne tik naudingas Kinijos pacientams, bet ir teikia vertingus duomenis pasaulinei retų ligų bendruomenei“, – pažymėjo tyrimų komanda. „Tai priartėja prie tikslo, kad kiekvienas pacientas, sergantis reta liga, vieną dieną turėtų diagnozuoti.”
Neišspręstų 70% ateitis
Nors beveik trečdalis pacientų diagnozavo diagnozę, 70% liko nediagnozuota. Tyrėjai mano, kad šis atotrūkis kyla iš unikalios Kinijos genetinės įvairovės, riboto WG naudojimo ir nepakankamo nekoduojančių DNR regionų tyrimo.
„Upwards“ komanda dabar tiria naujos kartos metodus, siekdama pagerinti diagnozės nustatymą.
Komanda svarsto galimybę ateityje integruoti daugiapakopius duomenis, tokius kaip RNR sekos nustatymas, kuris galėjo padidinti diagnostikos normą iki 17%. Naudojant AI-pagalbinę analizę sudėtingiems duomenims aiškinti, taip pat galėtų padėti nustatyti genetines mutacijas, susijusias su sąlygomis. Išsamesnės pacientų ir klinikų įsitraukimo platformos ir klinikiniai vadovai mokys platesnę visuomenę retomis sąlygomis, o tai gali patvirtinti ankstyvą šių sąlygų pripažinimą.
Programa padėjo pagrindą retų ligų centrui, derindama pacientų duomenų bazes su ekspertų tinklais, siekiant pagreitinti tikslumo mediciną ir naują gydymą. Išanalizavus daugiau nei 42 000 šeimų genetinius duomenis, projektas „Upwards“ sukūrė išsamiausią vaizdą apie retą ligų pasiskirstymą Kinijoje ir gali suteikti galimybę kovai su retomis ligomis visame pasaulyje.
Pateikė BGI genomika