Baylor College of Medicine ir bendradarbiaujančių institucijų tyrėjai atskleidė naujus galimus vėžio gydymo tikslus ir naujas įžvalgas apie esamus vaistus nuo vėžio, išplėtodamos šios ligos gydymo galimybes.
Naudodama visapusišką metodą, apimantį proteomikos, genomikos ir epigenomikos duomenų iš 10 vėžio tipų integravimą, komanda nustatė baltymų ir mažų baltymų ar peptidų taikinius vėžio audiniuose ir eksperimentiškai patvirtino daugelį jų kaip perspektyvius kandidatus terapinėms strategijoms. Tyrimas pasirodė m Ląstelė.
„Patirtis parodė, kad tikslinės terapijos, vėžio gydymas, nukreiptas į specifinius vėžio ląstelių baltymus, žada pasiekti veiksmingesnių klinikinių rezultatų nei tradicinė spindulinė terapija ir chemoterapija“, – sakė bendraautorius Dr. Bing Zhang, molekulinės ir žmogaus genetikos bei genetikos profesorius. Lesterio ir Sue Smithų krūties centro Baylor mieste dalis.
„Nors daroma pažanga nustatant galimus tam tikrų vėžio tipų pažeidžiamumus, FDA patvirtinti vaistai nuo vėžio yra nukreipti į mažiau nei 200 baltymų. Šiame tyrime žymiai išplėtėme galimų terapinių taikinių sąrašą, analizuodami duomenis iš daugiau nei 1000 audinių mėginių, apimančių 10 vėžio atvejų. tipai“.
Tyrėjai taikė skaičiavimo įrankius, kad integruotų proteogenominius duomenis, apimančius viso genomo informaciją apie DNR, RNR ir baltymus, kuriuos sukūrė Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC) iš perspektyviai surinktų anksčiau negydytų pirminių navikų mėginių, kurių daugelis turi suderintus normalius gretimus audinius. palyginimui.
Komanda integravo CPTAC duomenų rinkinį su kitais viešais duomenų rinkiniais, kad ištirtų genų ir baltymų pakitimų panašumus ir skirtumus, rastus įvairiuose navikų tipuose, kad apšviestų vėžio gydymo baltymų taikinius.
„Mūsų tikslas buvo geriau suprasti žinomų vaistų taikinių ypatybes. Taip pat tikėjomės nustatyti naujus taikinius, kurie galėtų paskatinti naujų vaistų kūrimą”, – sakė Zhang, McNair mokslininkas ir Baylor's Dan L Duncan Comprehensive Cancer Center narys.
Komanda taikė duomenų integravimo metodą, kad sistemingai nustatytų baltymus ir genus, kurie yra svarbūs vėžio augimui ir vystymuisi. Pavyzdžiui, baltymai, kurie yra per daug ekspresuojami arba hiperaktyvūs vėžiniuose audiniuose, bet ne normaliuose analoguose, ir naviko slopinančių genų praradimas, dėl kurio gali atsirasti priklausomybė nuo kitų baltymų, kurie gali būti terapiškai nukreipti. Jie taip pat ieškojo naviko antigenų, įskaitant neoantigenus – vėžiui būdingus peptidus, gautus iš navikų genų mutacijų.
„Mūsų tyrimas atskleidė naujas galimybes panaudoti vaistus, šiuo metu patvirtintus kitoms sąlygoms“, – sakė Zhang. „Pavyzdžiui, parodome, kad priešgrybelinis vaistas taip pat gali sumažinti kelių vėžio tipų augimą, remdamas tolesnį šio vaisto priešvėžinės vertės tyrimą.”
Tyrėjai taip pat nustatė galimus baltymų taikinius, šiuo metu be vaisto – vieni yra fermentai, vadinami kinazėmis, o kiti – ląstelių paviršiaus baltymai. „Šios išvados atveria galimybes kurti vaistus, įskaitant mažos molekulės vaistus arba vaistų ir antikūnų konjugatus”, – sakė Zhang.
Be to, skaičiuojant kelis su naviku susijusius baltymus, dalijamus įvairiems vėžio tipams, buvo eksperimentiškai patvirtinta jų svarba vėžiui ląstelėse, auginamose laboratorijoje ir gyvūnų modeliuose, patvirtinant šiuos baltymus kaip galimus terapinius taikinius, kuriuos verta ištirti.
„Labai džiaugiuosi, kad sukūrėme visapusišką baltymų taikinių šaltinį, žymiai išplėtę terapinį kraštovaizdį, nustatydami daug naujų kandidatų ir apimdami įvairius gydymo būdus. Savo išvadas paskelbėme viešai adresu https://targets.linkedomics.org “, – sakė Zhang. „Tikimės, kad šis išteklius atvers kelią šiuo metu turimų vaistų panaudojimui ir naujų vėžio gydymo terapijų kūrimui“.