Dėl pažangos molekulinės sekos nustatymo srityje mokslininkai sukūrė daugybę duomenų iš genomo, transkripto, proteomo ir metabolomo. Tačiau šie „-omics“ duomenų rinkiniai yra sudėtingi ir šiuo metu nėra standartinio metodo, kaip analizuoti duomenis, siekiant atskirti konkrečius biologinius žymenis nuo galimai klaidinančių kintamųjų.
Neseniai atliktame tyrime Beth Israel Deaconess medicinos centro (BIDMC) mokslininkai įvertino kitose srityse jau naudojamą statistinę techniką, kad sumažintų jos efektyvumo veiksnius dviejuose kolorektalinio (CRC) vėžio duomenų rinkiniuose. Darbas publikuojamas žurnale PLOS ONE.
Grupės išvados rodo, kad metodas, žinomas kaip polinkio balų atitikimas (PSM), gali pasirodyti kaip efektyvi ir ekonomiška strategija daugialypiai duomenų analizei ir klinikinių tyrimų planavimui biomarkerių atradimui.
Atitinkamas autorius Michael H. Roehrl, MD, Ph.D., MBA, BIDMC Patologijos skyriaus pirmininkas, ir kolegos naudojo archyvuotus audinių mėginius, kad suskirstytų vėžio atvejus į geros arba prastos prognozės grupes, remiantis pacientų išgyvenimo informacija. Tada grupės buvo palygintos su prognostiniais baltymų arba transkripto biomarkeriais.
Vienas duomenų rinkinys buvo gautas iš 544 chirurginiu būdu pašalintų CRC audinių proteominės ekspresijos profilių, gautų iš didelio akademinio medicinos centro patologijos archyvų. Šią grupę sudarė 367 pacientai, kurie išgyveno daugiau nei trejus metus be pasikartojimo (gerų rezultatų grupė), ir 60 pacientų, kuriems per trejus metus pasikartojo (blogų rezultatų grupė). Antrąją grupę sudarė 163 CRC atvejų RNR sekos nustatymo profiliai, iš kurių 130 buvo geros prognozės grupėje, o 33 – prastos prognozės grupėje.
Skirtingai nuo įprastos analizės, kuri paprastai lygina atsitiktinių imčių vėžio ir normalių audinių kohortas, PSM leido tiesiogiai palyginti paciento charakteristikas, atskleidžiant naujus prognostinius biomarkerius. Sukūrus optimaliai suderintas grupes, kad būtų sumažintas klaidinantis poveikis, šis tyrimas parodė, kad PSM leidžia patikimai išgauti reikšmingus biologinius žymenis, kartu reikalaujant mažiau vėžio atvejų ir mažesnės bendros pacientų grupės.