Naujų pandemijų numatymas analizuojant rekombinantinių virusų genomų duomenis

Naujų pandemijų numatymas analizuojant rekombinantinių virusų genomų duomenis

Ligos, sindromai

Tyrimas, paskelbtas m Gamtos komunikacijos pristato daug žadančius „RecombinHunt“ – naujo duomenimis pagrįsto metodo, kurį sukūrė Milano Politechnikos katedros ir Milano universiteto Elektronikos, informacijos ir bioinžinerijos katedra, ir kuris gali labai tiksliai ir efektyviai identifikuoti rekombinantinį SARS-CoV. 2 genomai su vienu ar dviem lūžio taškais.

Rekombinacija, ty dviejų ar daugiau viruso genomų sudėtis, siekiant suformuoti naują genomą, yra veiksmingas molekulinis viruso evoliucijos ir prisitaikymo mechanizmas.

Išnaudojant COVID-19 pandemijos paskatą, buvo pasiūlyta keletas būdų, kaip aptikti rekombinantinius SARS-CoV-2 viruso genomus; tačiau iki šiol niekas negalėjo ištikimai patvirtinti šios srities ekspertų rankinių analizių.

RecombinHunt pasižymi dideliu specifiškumu ir jautrumu, yra veiksmingesnis už visus kitus jau sukurtus metodus ir patikimai patvirtina rankines ekspertų analizes.

Metodas, sukurtas pagal PRIN PNRR 2022, SENSIBLE projektą (Small-data Early WarNing System for virus patogens In Public Health), taip pat identifikuoja rekombinantinius viruso genomus iš naujausios beždžionių raupų epidemijos, kuris labai atitinka analizes, kurias rankiniu būdu kuravo ekspertai, o tai rodo, kad Šis metodas yra tvirtas ir gali būti taikomas bet kokiam epidemijos ar pandemijos virusui, o tai yra svarbi priemonė kovojant su būsimomis pandemijomis.

Prof. Stefano Ceri pažymi, kad „tyrimas buvo įmanomas dėl nepaprasto viso pasaulio laboratorijų, kurios tarptautinei bendruomenei suteikė daugiau nei 15 milijonų virusų sekų, indėlio“, – pažymi projekto SENSIBLE vadovė dr. Anna Bernasconi. „Mūsų tikslas yra sukurti įspėjamąsias priemones, skirtas numatyti ir kovoti su naujomis virusinėmis epidemijomis ir pandemijomis.

„Tyrimas parodo, kaip novatoriškų ir veiksmingų skaičiavimo metodų kūrimas leidžia tiksliau ir griežčiau įvertinti patogenų evoliuciją ir bet kokį poveikį žmonių sveikatai“, – priduria prof. Matteo Chiara, Milano universiteto Molekulinės biologijos profesorius. projekto SENSIBLE vienas iš vadovų.

Dr. Tommaso Alfonsi, neseniai įgijęs informacijos inžinerijos daktaro laipsnį „cum laude“, yra pirmasis šio tyrimo autorius.