Helmholtzo Miuncheno vadovaujami mokslininkai sukūrė prieinamą programinės įrangos sprendimą, specialiai sukurtą sudėtingų medicininių sveikatos duomenų analizei. Atvirojo kodo programinė įranga, vadinama „ehrapy“, leidžia tyrėjams struktūrizuoti ir sistemingai tirti didelius, nevienalyčius duomenų rinkinius. Programinę įrangą gali naudoti ir toliau tobulinti pasaulinė mokslo bendruomenė.
„Ehrapy“ skirta užpildyti kritinę sveikatos duomenų analizės spragą, sako Lukas Heumos, vienas pagrindinių kūrėjų ir Miuncheno Helmholtzo Kompiuterinės biologijos instituto bei Miuncheno technikos universiteto (TUM) mokslininkas. „Iki šiol nebuvo standartizuotų įrankių, skirtų sistemingai ir efektyviai analizuoti įvairius ir sudėtingus medicininius duomenis. Mes tai pakeitėme su ehrapy”, – sakė Heumos.
Ehrapy komanda yra iš biomedicininių tyrimų ir turi didelę patirtį analizuojant sudėtingus mokslinių duomenų rinkinius. „Sveikatos priežiūros sektorius susiduria su panašiais duomenų analizės iššūkiais, kaip ir dirbantys laboratorijose“, – „Ehrapy“ projekto pradžioje pažymėjo Heumos.
Tyrimas buvo paskelbtas m Gamtos medicina.
Tiriamasis metodas – analizė be hipotezių
Kartu su daugeliu kitų bendradarbių Heumos panaudojo savo mokslinės programinės įrangos kūrimo patirtį, kad sukurtų pacientų duomenų analizės sprendimą. Heumos sakė: „Ehrapy gali atskleisti naujus modelius ir generuoti įžvalgas, nereikia analizuoti duomenų, pagrįstų konkrečia prielaida ar hipoteze”. Šis tiriamasis metodas, sako Heumos, yra unikalus ehrapy bruožas.
Ehrapy leidžia tyrėjams rūšiuoti, grupuoti ir analizuoti didelius, nevienalyčius ir sudėtingus duomenų rinkinius be jokių išankstinių hipotezių. Tai atveria naujų įžvalgų, kurias vėliau galima tyrinėti toliau.
Heumos paaiškino: „Tyrimo metodas suteikia naujų perspektyvų sveikatos duomenų analizei. Dėl jų sudėtingumo ir nevienalytiškumo šie duomenys dažnai nėra analizuojami taip efektyviai, kaip galėtų būti.” Taigi „Ehrapy“ atveria naujas galimybes, kad sveikatos duomenys būtų naudingesni medicinos tyrimams ir praktikai.
Ilgalaikis tikslas: įprastas naudojimas klinikinėje praktikoje
Ehrapy nuo pat pradžių buvo sukurta kaip atvirojo kodo programinė įranga. „Mums buvo svarbu, kad programinė įranga būtų prieinama mokslo bendruomenei nuo pat pirmos dienos“, – pabrėžė Heumos.
Programinė įranga yra prieinama kaip „Python“ paketas „GitHub“, internetinėje programinės įrangos kūrimo platformoje, ir ją gali naudoti ir toliau plėtoti mokslininkai visame pasaulyje.
Šiuo metu ehrapy daugiausia dėmesio skiria efektyviam ir greitam tyrimų duomenų rinkinių, pavyzdžiui, saugomų dideliuose sveikatos tyrimų centruose, analizei. „Įprastas naudojimas klinikinėje praktikoje yra ilgalaikis tikslas, tačiau šiuo metu mes sutelkiame dėmesį į tai, kad mokslinių tyrimų bendruomenei būtų suteikta galinga priemonė“, – sakė Heumos.
Ateityje komanda planuoja pateikti standartizuotas elektroninių sveikatos įrašų (EHR) duomenų bazes. Šios duomenų bazės leis geriau integruoti ir analizuoti didelius medicininių duomenų kiekius. Be to, tai palengvins EHR atlasų kūrimą, kurie gali būti atskaitos duomenų rinkiniai kontekstualizuoti ir komentuoti naujus duomenų rinkinius.
Ilga kelionė
„Ehrapy suteikia galimybę atlikti visapusišką duomenų analizę visose sistemose, o tai gali būti pagrindinis žingsnis būsimose dirbtinio intelekto sistemoms medicinoje. Todėl tikiuosi, kad jos bus gana greitai pritaikytos įvairiose vietose”, – sako prof. Fabian Theis, Helmholtz Kompiuterinės biologijos instituto direktorius. Miunchenas ir TUM profesorius. „Tokių technologijų sukūrimas medicinoje yra ilgas procesas, kuris gali užtrukti dešimtmečius. Mūsų tikslas yra įveikti atotrūkį tarp biomedicininių tyrimų ir praktinio pritaikymo medicinoje.”
Theisas toliau paaiškina, kad kūrėjų komanda daugiausia dėmesio skiria tiriamiesiems duomenų analizės metodams holistine forma, kad būtų lengviau atskleisti paslėptus ryšius, ir pridūrė: „Mes taip pat stengiamės paremti akademinius ir komercinius sveikatos priežiūros sektoriaus žaidėjus“.