Paieškų duomenų bazė dabar paruošta padėti tirti Alzheimerio ligą.
Neurologijos ir biomedicininės informatikos mokslininkai Ohajo valstijos universiteto Wexner medicinos centre ir medicinos koledže sukūrė išsamią, patogią saugyklą.
Nemokama duomenų bazė, žinoma kaip ssREAD, yra aprašyta rankraštyje, paskelbtame internete Gamtos komunikacijos.
Alzheimerio liga yra dažniausia demencijos priežastis, kuri sudaro iki 80% atvejų. Remiantis Alzheimerio asociacijos 2023 m. Alzheimerio ligos faktų ir skaičių ataskaita, maždaug 6,7 milijono 65 metų ir vyresnių amerikiečių šiandien serga Alzheimerio demencija.
Ši duomenų bazė padės mokslininkams ištirti Alzheimerio ligos patologiją. Patologija tiria su ligomis susijusias priežastis, vystymąsi, struktūrinius / funkcinius pokyčius ir gamtos istoriją.
Molekuliniai parašai, kuriais grindžiama Alzheimerio ligos patologija, buvo vis labiau tiriami naudojant vienos ląstelės ir vieno branduolio RNR seką (scRNA-seq ir snRNA-seq) ir erdvinę transkriptomiką.
„Šios technologijos suteikė naują šviesą Alzheimerio ligos patogenezės ir lyties skirtumų tyrimams ląstelių ir molekulių lygmenimis. Mūsų ssREAD saugykla siūlo platesnį su Alzheimerio liga susijusių duomenų rinkinių spektrą, optimizuotą analitinį vamzdyną ir geresnį naudojimą”, – sakė tyrimas. bendraautorius korespondentas Hongjun „Harry” Fu, Ph.D., Ohajo valstijos neurologijos docentas.
Duomenų rinkiniai
Duomenų bazėje yra 277 integruoti duomenų rinkiniai iš 67 su Alzheimerio liga susijusių scRNA-seq ir snRNA-seq tyrimų, iš viso 7 332 202 ląstelės. Saugykloje taip pat yra 381 erdvinės transkriptomikos pavyzdys iš 85 žmonių ir pelių tyrimų.
- Išsamios anotacijos, įskaitant langelių tipus ir erdvinius sluoksnius
- Diferencialinės genų ekspresijos ir funkcinio praturtinimo analizė
- Erdvėje kintantys genai ir dekonvoliucija naudojant vienos ląstelės duomenų rinkinius
Interaktyvios vizualizacijos
Patogus vartotojui žiniatinklio serveris, teikiantis išsamias analizės interpretacijas, o filtrai palaiko kelis pasirinkimus
- Klasterių, ląstelių tipų ir erdvinių sluoksnių sklaidos diagramos
- Funkcijų ir smuiko siužetai genų ekspresijos profiliui
- Realaus laiko genų rinkinio praturtinimo analizė
„Sukurdami šią specializuotą duomenų bazę panaikiname tyrėjų atotrūkį. Šių įvairių duomenų rinkinių ir sąlygų integravimas bus neįkainojamas tyrėjams, tyrinėjantiems sudėtingą Alzheimerio ligos kraštovaizdį”, – sakė daktaras Qin Ma, Ohajo valstijos biomedicinos katedros profesorius. informatika.