Neinvaziniai prenataliniai testai (NIPT) visame pasaulyje vis dažniau tampa neatskiriama nėštumo metu atliekamo patikros dalimi. Amsterdamo UMC tyrimai rodo, kad nėščios moters genetinis pagrindas turi įtakos testo veiksmingumui.
Daugiau nei 140 000 Nyderlanduose atliktų testų duomenys rodo, kad specifinis genetinis variantas, kurį atlieka apie 7 % Nyderlandų moterų, padidina neaiškių rezultatų tikimybę ir pablogina NIPT jautrumą. Šie rezultatai paskelbti šiandien Ląstelių ataskaitos.
„NIPT veikia pasinaudojant tuo, kad motinos kraujyje galima rasti likutinės medžiagos iš placentos ląstelių ir taip atspindinčių vaisių. Tada mes tiriame šios medžiagos DNR, vadinamą DNR be ląstelių, kad įvertintume. ar vaisiui gresia chromosominė būklė“, – sako Erikas Sistermansas, Amsterdamo UMC žmogaus genetikos profesorius.
Be DNR sekos, DNR be ląstelių taip pat turi antrąjį informacijos sluoksnį, žinomą kaip „fragmentomika“. Šią informaciją sudaro keli veiksniai, tokie kaip DNR fragmentų koncentracija, dydis, pasiskirstymas ir modeliai kraštutinėse vietose.
„Įspūdinga yra tai, kad šios „suskaldymo” savybės skirtingiems žmonėms šiek tiek skiriasi. Anksčiau šis skirtumas visada buvo paaiškinamas tuo, kad ląstelių, iš kurių atsiranda DNR be ląstelių, sudėtis taip pat skiriasi”, – sako Jasperas Linthorstas. Amsterdamo UMC mokslininkas.
„Šiame tyrime parodome, kad dalyvauja daug genų ir kad didelę šios variacijos dalį galima paaiškinti genetiniu motinos fonu“, – priduria jis.
Esminė NIPT tyrimo dalis yra susijusi su įvertinimu, kiek užfiksuotos DNR yra gauta iš placentos. Šią užduotį paprastai atlieka AI algoritmas, kuris naudoja pirmiau minėtas suskaidymo savybes, kad būtų galima numatyti vaisiaus DNR proporciją plazmos mėginyje. Tai labai svarbu NIPT, nes jis informuoja sveikatos priežiūros specialistą apie testo patikimumą nustatant vaisiaus chromosomų anomalijas.
„Atrodo, kad didžiausią poveikį turi geno, vadinamo DNASE1L3, molekulinės žirklių poros, supjaustančios DNR gabalus į mažesnius gabalėlius, variantas, kuris yra gana dažnas Nyderlanduose – jį aptinkame apie 7 proc. Mes nustatėme, kad žmonėms, turintiems šį variantą, NIPT sugenda dažniau, nes atrodo, kad plazmoje yra mažiau DNR.
„Net jei yra pakankamai DNR tyrimui, šių nėščių moterų AI algoritmai labai pervertina iš placentos gaunamos DNR kiekį, o tai gali pakenkti jų NIPT rezultatų patikimumui“, – sako Linthorstas.
DNR be ląstelių vis dažniau naudojama kaip biomarkeris kitose srityse. Todėl šios išvados taip pat gali turėti įtakos tų tyrimų tikslumui, įskaitant tuos, kurie šiuo metu kuriami siekiant ištirti vėžį.
„Šiuose bandymuose naudojami palyginami AI prognozavimo modeliai. Pirmą kartą parodėme, kad šie modeliai yra paveikti genetinės kilmės ir tai gali turėti didelių pasekmių ir kitų DNR testų be ląstelių patikimumui”, – apibendrina Sistermansas. .